Très tôt réputée pour la sévérité de ses jugements et pour sa participation à la répression protestante depuis le XVIe siècle, la cour voit sa réputation à nouveau entachée par l'affaire Calas et l'intervention de Voltaire, diffusant l'idée d'un parlement peuplé de « fanatiques bigots ». Cependant, un regard porté sur la cour implique une analyse globale de son activité en matière religieuse. Plusieurs évènements capitaux animent le siècle autour de la question protestante, de la question janséniste et de la grande affaire des jésuites. La cour participe au mouvement de sécularisation, caractéristique du siècle. Nombreux sont les parlementaires à adhérer aux nouvelles activités qui se développent avec les Lumières. Ils participent aux académies et beaucoup sont membres de la franc-maçonnerie. La jurisprudence protestante de la cour est très tôt modérée vis-à-vis des protestants. Elle est même en avance sur les autres cours dans sa reconnaissance de la possession d'état d'enfants religionnaires. L'affaire Calas ne peut, quant à elle, être analysée en faisant l'impasse sur le droit criminel du XVIIIe siècle et des critiques qu'il suscite. Quant aux problèmes posés par les luttes jansénistes et jésuites, les divisions au sein de la cour sont nombreuses, témoignant d'une absence d'unanimité, à l'image de l'attitude de l'ensemble des parlements. La théorie de l'union des classes ne semble pas se matérialiser concrètement. Cependant, là encore, par son attitude durant les affaires des refus de sacrements et par la suppression de la Compagnie de Jésus, la cour participe à un mouvement qui tend à considérer les missions de l'Église comme des missions de « service public ». Ainsi, sur bien des points, la cour annonce l'oeuvre révolutionnaire.